Καταγόμενος από την περιοχή της Μαύρης Θάλασσας, ο Αλέξιος Μαυροθαλασσίτης έφτασε στην Κρήτη το φθινόπωρο του 1821. Έχοντας ήδη σημαντική εμπειρία από τη δράση του στην Μικρά Ασία και τη Σάμο, σύντομα διακρίθηκε ως ικανός πολεμιστής και αρχηγός. Έδρασε κυρίως στην περιοχή του Ρεθύμνου και έλαβε μέρος στην κατάληψη της Μονής Αρκαδίου στις αρχές του 1822, καθώς και στην αποτυχημένη επιχείρηση κατάληψης της πόλης του Ρεθύμνου που είχε σχεδιάσει ο Joseph Balestra. Για την συνεισφορά του στον αγώνα, του απονεμήθηκε τον Απρίλιο του 1822 ο βαθμός του πεντακοσίαρχου, λίγο αργότερα όμως, δολοφονήθηκε από κάποιον στρατιώτη των επικουρικών δυνάμεων, τον οποίο είχε επιπλήξει αυστηρά γιατί συμπεριφερόταν βίαια στους χριστιανούς του Αμαρίου.