Το μεγαλύτερο μέρος των μουσουλμάνων της Κρήτης προήλθε από τον εξισλαμισμό τοπικού πληθυσμού κατά τη διάρκεια του Κρητικού πολέμου (1645-1669). Πέρα από την προοπτική απαλλαγής από τους ειδικούς φόρους που επιβάρυναν τους χριστιανούς (χαράτσι και κεφαλικός), βασικά κίνητρα απετέλεσαν τα οφέλη από την συμμετοχή στον πόλεμο και η προσδοκία ένταξης στον χώρο της μουσουλμανικής ελίτ. Ένα δεύτερο κύμα εξισλαμισμών εντοπίζεται στα τέλη του 18ου αιώνα, χωρίς, ωστόσο, να είναι εφικτός ο προσδιορισμός των διαστάσεών του.